Son constantes las quejas de tabajadores de la institución en contra del director académico de la institución, Carlos González Salgado y la subdirectora de Procesos Curriculares e Investigación, Sofía Hernández López, sin que hasta el momento la SEP haga algo al respecto.
Tanto González Salgado como Sofía Hernández han encontrado en la UNIDES su pequeño coto de poder con la miopía y complacencia del propio rector de la institución, Miguel Ángel Pérez Maldonado.
A decir de los inconformes, Pérez Maldonado se ocupa más de lo que ocurre en el Consejo de Ciencia y Tecnologia del Estado de Puebla, del que también es director general, y son contados los días en que acude a la UNIDES para hacer su trabajo, lo que permite que los sujetos arriba mencionados hagan y deshagan a su antojo.
Estos dos personajes, importados del Distrito Federal, presumen su cercanía con Jorge Benito Cruz Bermúdez, para despedir a personal sin motivo con tal de poder acomodar a incondicionales, también procedentes del DF, como ocurrió en diciembre pasado en donde se esperaron hasta el último día laboral para despedir a personal, no sin antes entregarles una botella de sidra con una tarjeta en donde les deseaban felices fiestas.
De igual forma, es conocida la mala relación que tanto González Salgado como Sofía Hernández llevan con el subdirector de Acreditación y Evaluación, Mario Rafael Arroyo García, a quien han intentado separar de su cargo sin poder lograrlo, por lo que han enderezado en su contra toda una campaña de desprestigio, con amenazas para el personal que se relacione con él.
Sobre el particular, destaca el caso de acoso laboral en contra de Gabriela Martínez, quien es madre soltera de dos niños. A ella le exigían trabajar más horas de las correspondientes y como se negó, comenzaron a acosarla, con acusaciones falsas sobre presuntos rumores que estaba vertiendo en contra de ellos.
Al sentirse agredida, la referida pidió su cambio de área a la subdirección de Arroyo García, pero no solamente no se lo permitieron sino que amenazaron con despedirla si levantaba una queja en su contra.
Los trabajadores afectados han enviado cartas a la SEP para exigirles que actúe para frenar los abusos de Carlos González Salgado y Sofía Hernández, pero ha trascendido que el propio secretartio Cruz Bermúdez ha ordenado no mover ni un dedo, toda vez que él mismo se trajo del Distrito Federal a los dos denunciados.
